| |
Biochemia D/Wykład 5
Witamy na wiki Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
< Biochemia D(Przekierowano z Biochemia/Wykład 5)
Spis treści |
Białk
- Rzadko występują jako materiał zapasowy (wyjątkiem nasiona niektórych roślin)
- Nasiona zbóż ? białka typu glutenom
- Soja ? glikoproteina 7s (magazyn aminokwasów i azotu)
- U zwierząt nie występują jako materiał zapasowy, pobierają za to duże ich ilości wraz z pokarmem roślinnym i właśnie te białka są katabolizowane.
- Wewnątrz komórkowe (informacyjne, regulacyjne, enzymatyczne, strukturalne) podlegają obrotowi metabolicznemu ? są syntetyzowane i rozkładane równocześnie.
- T1/2 - okres półtrwania -> określa obrót metaboliczny poszczególnych białek (połowa cz. białka ulega degradacji)
- Bardzo zróżnicowany dla różnych białek (od kilku sekund do kilku tygodni)
- B. informacyjne oraz regulacyjne żyją bardzo krótko.
- B. enzymatyczne ? od kilku minut do kilku tygodni
- B. strukturalne ? najbardziej trwałe (np.: b. cytoszkieletu)
- T1/2 - okres półtrwania -> określa obrót metaboliczny poszczególnych białek (połowa cz. białka ulega degradacji)
- Obrót metaboliczny związany jest z rozkładem białek na aminokwasy(AA).
- Hydroliza wiązań peptydowych (rozcinanie białek do aminokwasów poprzez dołączenie wody)
- proteazy/proteinazy ? działają na natywne(?) białka.
- peptydazy ? działają na pewne fragmenty peptydowe uzyskane w wyniku zapoczątkowanej wcześniej hydrolizy.
- Enzymy są ogromną rodziną i nie wszyscy trzymają się tego podziału.
Klasyfikacja enzymów
- Uczestniczących w hydrolizie białek pokarmowych jak i b. wewnątrzkom.
- Często charakteryzują się dużą specjalizacją np.: enzymy występujące w przewodzie pokarmowym, produkowane przez trzustkę:
- chymotrypsyna - rozszczepia wiązania peptydowe tylko w tych miejscach, gdzie grupa karboksylowa aminokwasu aromatycznego (tyrozyna, fenyloalanina itp.) wiąże się z innym, dowolnym aminokwasem.
- trypsyna - rozcina wiązania peptydowe tworzone przez gr. karboksylowe aminokwasów zasadowych takich jak: lizyna, arginina.
- Duża specyficzność -> dużo enzymów w przewodzie pokarmowym.
- Podział enzymów ze względu na miejsce nacięć w łańcuchu:
- endopeptydazy - tną łańcuch polipeptydowy gdzieś w jego środku, np.: trypsyna, chymotrypsyna.
- egzopeptydazy - tną łańcuch na końcu. Wyróżniamy:
- karboksypeptydaza - odszczepia kolejno od C końca pojedyncze reszty aminokwasowe.(-)(aktywuje cz. nukleofilu np.: wody oraz polaryzuje gr. karbonylową)
- aminopeptydazy - rozszczepiają kolejno wiązania od N końca.
- Enzymów proteolitycznych jest bardzo wiele.
- Proteoliza w komórkach zachodzi w proteosomach, które są jakimś odpowiednikiem rybosomów; są to złożone struktury w skład, których wchodzi wiele różnych białek, w tym enzymów proteolitycznych.
- Hydroliza białek do aminokwasów katalizowana przez proteinazy lub peptydazy jest procesem, w którym wydziela się dość dużo energii ale zbyt mało żeby mogła towarzyszyć jej synteza ATP lub innych związków wysokoenergetycznych; więc podobnie jak w przypadku cukrowców i lipidów, ta faza hydrolityczna jest jałowa energetycznie. (powstała E wydzielana jest w postaci ciepła)
- Powstałe aminokwasy mogą być dalej katabolizowane.
- W białku występuje 20 kodowanych aminokwasów, oprócz tego występują jeszcze AA niekodowane, które powstają w wyniku potranslacyjnej modyfikacji pewnych reszt aminokwasowych, np.: część reszt lizyny może być hydroksylowana w wyniku czego powstaje 5-hydroksylizyna, część proliny może być przekształcona w 4-hydroksyprolinę. Po hydrolizie białek często uzyskujemy więcej niż 20 AA.
- Pierwszym etapem katabolizmu białek/AA jest deaminacja.(-)
Deaminacja białek i aminokwasów
- Usunięcie gr. aminowej w postaci amoniaku (w kom. występuje on w postaci jonów amonowych)
- Może zachodzić na początku (alanina, kw. glutaminowy) lub po pewnych przekształceniach (prolina przekształca się w kw. glutaminowy i dopiero ulega deaminacji)
- Może zachodzić na różnych etapach katabolizmu poszczególnych AA.
- Niektóre AA w wyniku utraty gr. aminowej mogą przekształcić się w pirogronian, niektóre w acetylo-CoA, a inne w różne metabolity cyklu Krebsa,
np.: kw. α-ketoglutarowy, szczawiooctan, bursztynian.(są włączane w różne etapy katabolizmu złożonych cukrowców, niepotrzebna reszta zostaje degradowana do amoniaku)
- Ważną grupą enzymów biorącą udział w usuwaniu gr. Aminowych są aminotransferazy.
Katabolizm aminokwasów
- Transaminacja (aminotransferazy):
Reakcje katalizowane przez:
- Aminotransferazę asparaginową
- Aminotransferazę alaninową
- Jest bardzo dużo różnych aminotransferaz, które katalizują reakcję transaminacji.
- Określony aminokwas oddaje gr. aminową na ketokwas, którym najczęściej jest α-ketoglutaran; w wyniku tego z aminokwasu powstaje odpowiedni α-ketokwas, a α-ketoglutaran ulega aminacji i powstaje glutaminian.
- Procesy transamincji nie prowadzą do całkowitej deaminacji ? jeden AA zmieniany jest na inny (asparaginian / alanina na glutaminian)
- Oznaczenie aktywności tych enzymów w otoczeniu jest ważnym narzędziem diagnostycznym: obie te aminotransferazy wys. wew.-kom. np.: w mięśniu sercowym, wątrobie. Każdy narząd charakteryzuje się pewnym stosunkiem aktywności jednego enzymu do drugiego ? jeśli w osoczu pojawia się podwyższony poziom transferaz oznacza to, że narząd uległ uszkodzeniu.
- Koenzym aminotransferaza jest pochodną pirydyny: fosforan pirydoksalu (PLP), który w komórkach ssaczych wytwarzany jest z witaminy B6 (pirydoksyny); żeby mogła się ona przekształcić w PLP to gr. alkoholowa 1? musi się utlenić do gr. aldehydowej i inna gr. musi ulec fosforylacji.
- Witamina jest wykorzystywana jako element budulcowy do syntezy koenzymu, substancji która uczestniczy w procesie katalitycznym.
- Fosforan pirydoksalu, w trakcie procesu transaminacji, przejściowo jest w stanie przyjąć gr. aminową aminokwasu, powstający fosforan pirodoksyny (PMP) oddaje tę gr. aminową na odpowiedniego biorcę (najczęściej jest nim α-ketoglutaran)
- Transaminacja: AA reaguje z enzymem zawierającym jako koenzym fosforan pirydoksalu (PLP); w drugim etapie reakcji α-ketokwas reaguje z fosforanem pirydoksaminy, w wyniku czego powstaje aminokwas.
aminokwas1 + E-PLP ←→ α-ketokwas1 + E-PMP
α-ketokwas2 + E-PMP ←→ aminokwas2 + E-PLP
W wyniku dostajemy:
aminokwas2 + α-ketokwas2 ←→ aminokwas2 + α-ketokwas1
- Schemat transaminacji:
- Mechanizm transaminacji:
- Odpowiedni enzym (aminotransferaza) zawiera kowalencyjnie związany fosforan pirydoksalu, przyłączony do gr. ?-aminowej (epsilon) lizyny wchodzącej w skład łańcucha peptydowego enzymu, tworząc w ten sposób zasadę Schifa. Zasada Schifa b. łatwo powstaje kiedy mamy do czynienia z aminą i zw. Karboksylowym ? w wyniku eliminacji cząsteczki wody powstaje R1-N=CH-R2 (zasada Schifa). Grupa aldehydowa PLP tworzy w stanie podstawowym zasadę Schifa z grupą aminową lizyny. Lizyna jest AA zasadowym, który zamiast gr. α_aminowej zawiera E-aminową grupę w łańcuchu bocznym, która jest związana z PLP.
- Jeśli pojawi się właściwy AA to następuje wyparcie PLP, powstaje np.: ???????... ????????????????????????????????????..????????????????????????????????????..???????????????????.....(źle skserowane, nie dało się odczytać)
- Zewnętrzna aldoimina w wyniku odprotonowania i protonacji w inny sposób prowadzi do powstania struktury zwanej ketoiminą, a następnie w wyniku przyłączenia cząsteczki wody do podwójnego wiązania następuje rozpad na α-ketokwas i fosforan pirydoksaminy, który może reagować z innym α-ketokwasem np.: z α-ketoglutaranem ? zachodzi odwrotny ciąg reakcji (wszystkie te reakcje są odwracalne), w wyniku czego odtwarza się aldoimina i może zajść następująca reakcja (także odwracalna): zewnętrzna aldoimina rozpada się na AA i powstaje kowalencyjne połączenie fosforanu pirydoksalu z enzymem.
- Innym ważnym procesem związanym z katabolizmem AA jest oksydacyjna deaminacja.
- Oksydacyjna deaminacja:
- Najważniejszym enzymem z gr. katalizujących tego typu reakcje jest dehydrogenaza glutaminianowa, która działa na glutaminian jako substrat.
- Cz. glutaminianu jest utleniana (utleniaczem może być: NAD+i NADP+), przy udziale cz. Wody następuje rozpad utlenianego intermediatu do ketoglutaranu i jonu amonowego, a z NAD+/ NADP+ jest tworzona zredukowana postać: MADH i NADPH
- Prosty mechanizm reakcji: przy udziale odpowiedniego utleniacza odbierane są 2 atomy wodoru w wyniku czego powstaje podwójne wiązanie i imina; przyłączenie wody do podwójnego wiązania daje α-ketokwas.
- AA może oddać gr. aminową (przy udziale aminotransferazy) na α-ketoglutaran, w wyniku czego a aminokwasu wyjściowego powstaje α-ketokwas, a α-ketoglutaran ulega aminacji do glutaminianu.
- Dehydrogenaza glutaminianowa prowadzi właściwą deaminację powstającego glutaminianu w rozlicznych procesach transaminacji rozkładając glutaminian na α-ketoglutaran i amoniak (jon amonowy); potrzebny jest utleniacz bo reakcja ma charakter red-ox, dlatego też NAD+i NADP+mogą również uczestniczyć (powstaje odpowiednia zredukowana forma)
- Aminotransferazy współdziałają z dehydrogenazą glutaminianową prowadząc do deaminacji różnych AA.
Usuwanie amoniaku
- Amoniak jest toksyczny dla komórek więc muszą się go jak najszybciej pozbyć, nie może dojść do sytuacji gdy stężenie amoniaku będzie zbyt wysokie; u zwierząt wodnych sytuacja jest prosta, można się go pozbyć także przez skórę, u ryb przez skrzela na drodze dyfuzji (zwierzęta amonioteliczne); u zwierząt lądowych sytuacja jest bardziej skomplikowana, są problemy z usunięciem amoniaku. Jest to różnie rozwiązane: u ssaków amoniak przekształcany jest w mocznik, który następnie jest wydalany z organizmu z moczem; u ptaków amoniak przekształcany jest w kwas moczowy i również usuwany wraz z moczem.
- Przekształcenia amoniaku w mocznik dzieją się w cyklu mocznikowym ze zużyciem pewnej ilości energii, ale pozwala to na zagospodarowanie i pozbycie się toksyny.
- Cykl mocznikowy zachodzi w kom. wątroby: częściowo w mitochondriach, a częściowo w cytoplaźmie. Następnie mocznik wydzielany jest do krwi, która jest filtrowana w nerkach; powstały mocz zostaje wydalony z organizmu.
- Organizmy urynoteliczne ? amoniak przekształcany jest w mocznik.
- Organizmy urykoteliczne ? amoniak przekształcany jest w kwas moczowy.
(omawiamy tylko syntezę mocznika w cyklu mocznikowym)
- Cykl mocznikowy (cykl Krebsa - Henseleita): Zlokalizowany w wątrobie!
- Wszystko zaczyna się w mitochondrium: w matrix z CO2 i amoniaku (jonów amonowych) karbamoilofosforan; żeby mógł powstać potrzebne jest ATP (2 cz. ATP do syntezy 1 cz. karbamoilofosforanu ? reakcja b. kosztowna energetycznie); w matrix powstaje bardzo dużo CO2 w cyklu Krebsa, a na drodze fosforylacji oksydacyjnej masowo syntetyzowany jest ATP ? daje to szczególnie korzystne warunki dla kosztownej energetycznie syntezy karbamoilofosforanu
- Karbamoilofosforan (pochodna kw. karbamowego) ma wiązanie typu mieszany bezwodnik z resztą kw. ortofosforowego, więc jest to zw. wysokoenergetyczny; posiada wysoki potencjał transportu reszt kw. karbamowego (-CONH2) na AA nie występujący w białkach ? ornitynę(podobna do lizyny ale ma o jeden atom C krótszy łańcuch). Ornityna oprócz α-aminowej gr. zawiera w łańcuchu bocznym dodatkową gr. aminową.
- Resta karbamoilowa jest przenoszona na gr. aminową ornityny i daje inny aminokwas ? cytrulinę. Cytrulina dzięki obecności specjalnego nośnika migruje z mitochondrium do cytoplazmy, w której zachodzi reszta reakcji cyklu.
- Z asparaginianu (dikarboksylowy aminokwas) i cytruliny następuje synteza argininobursztynianu.
- Argininobursztynian w kolejnej reakcji przekształca się w argininę (AA występujący m.in. w białkach), a jako poboczny produkt powstaje fumaran (kw. fumarowy).
- Arginina ulega hydrolitycznemu rozpadowi w wyniku czego, przy udziale enzymu zwanego arginazą, powstaje cz. mocznika i odtwarza się cz. ornityny, która może wnikać do mitochondrium, gdzie zostanie wykorzystywana jako biorca kolejnej reszty karbamolowej.
- Mocznik zawiera dwie gr. NH2 - jedna z nich pochodzi z amoniaku wytworzonego w procesie deaminacji AA, a druga z gr. aminowej asparaginianu, który się przekształca ostatecznie w fumaran ? jest to także sposób na deaminację pewnych AA (np.: asparaginianu); obie gr. pochodzą więc z aminokwasów (1. - deaminacja głównie kw. glutaminowego, 2. ? asparaginian)
- Etapy cyklu mocznikowego (z uwzględnieniem działających enzymów):
- Syntetaza karbamoilofosforanowa:
- Jedna cz. ATP rozpada się do ADP i fosforanu organicznego, druga służy jako dawca gr. fosforanowej do syntezy karbamoilofosforanu.
- 2 Cz. ATP (dwa wiązania wysokoenergetyczne) są wykorzystywane na syntezę jednej cz. Karbamoilofosforanu.
- W mitochondrium szczególnie sprzyjające warunki dla tej reakcji: wysokie stężenie ATP i CO2, reakcja więc przebiega z łatwością pomimo tego, że jest kosztowna energetycznie.
- Karbamoilotransferaza ornitynowa(kolejny działający enzym):
- Reakcja zachodzi w matrix mitochondrialnej
- Karbamoilofosforan oddaje resztę kwasu karbamowego na atom azotu gr. aminowej w ornitynie.
- Ornityna jest niebiałkowym aminokwasem, który oprócz α-aminowej gr. posiada w pozycji $\gamma$ gr. aminową (przy C delta) ? w lizynie łańcuch dłuższy o 1 C, więc druga gr. aminowa występuje w pozycji $\epsilon$(epsilon).
- Cytrulina, która powstała w wyniku przeniesienia reszty karbamoilowej na ornitynę, jest eksportowana z matrix mitochondrialnej za pomocą specjalnego przenośnika białkowego na teren cytoplazmy i tam zachodzą kolejne reakcje.
- Syntetaza argininobursztynianowa:
- Cytrulina, już na ternie cytoplazmy, reaguje z kw. asparaginowym ? ta reakcja również wymaga ATP, który ulega rozpadowi na AMP i pirofosforan, który jest następnie hydrolizowany do dwóch reszt kw. ortofosforowego ? powstaje argininobursztynian.
(Oznacza to, że wykorzystywane są dwa wiązania wysokoenergetyczne.)
- W większości reakcji gdzie ATP służy jako dawca energii mamy do czynienia z rozpadem na ADP i fosforan nieorganiczny, ale np.: w tej reakcji i szeregu innych ATP rozpada się do AMP i pirofosforanu, który następnie może się rozpadać do dwóch reszt ortofosforanu. Żeby z AMP odtworzyć ATP muszą zajść dwie rekcje:
- Regeneracja ATP z AMP wymaga wytworzenia dwóch wiązań wysokoenergetycznych, dlatego przeliczeniowo mówimy, iż w tego typu procesach wykorzystywane są 2 wysokoenergetyczne wiązania, mimo, że fizycznie uczestniczy tylko 1 cz. ATP.
- Liaza argininobursztynianowa:
- Liaza argininobursztynianowa powoduje rozszczepienie argininobursztynianu (pęka wiązanie N-C i transfer H) w wyniku czego powstaje arginina, a z reszty powstaje transfumaran.
- Arginina jest jednym z AA występujących w białkach; uczestniczy jako metabolit pośredni w cyklu mocznikowym.
- Arginaza:
- W wyniku działania arginazy i przez przyłączanie cz. wody, następuje odszczepienie jednego ugrupowania w postaci mocznika oraz odtwarza się ornityna, która dzięki obecności w błonie wewnętrznej mitochondrialnej specjalnego nośnika, może być przeniesiona z powrotem do matrix mitochondrialnej gdzie cykl się zamyka.
- Synteza 1 mola mocznika będzie wymagała 4 moli ATP (lub 4 moli wiązań wysokoenergetycznych) ? po dwa wiązania przy syntezie karbamoilofosforan i argininobursztynianu.
- Włączający się w pewnym momencie asparaginian oddaje grupę aminową, w wyniku czego powstaje arginina, natomiast ze szkieletu węglowego asparaginianu powstaje fumaran, który jest metabolitem cyklu Krebsa.
- Fumaran wędruje do matrix mitochondrialnej i tam może zostać zmetabolizowany ? ważne powiązanie cyklu mocznikowego z cyklem Krebsa, ponieważ istotnie wpływa na energetykę cyklu ???? .
- Fumaran w matrix:
- Wiązanie podwójne ulega hydratacji ? powstaje jabłczan, który jest utleniany do szczawiooctanu.
- Powstające NADH może oddać elektrony na łańcuch oddechowy, w wyniku czego zostaną zsyntetyzowane 2,5 mola ATP (na drodze fosforylacji oksydacyjnej).
- Szczawiooctan może ulegać reakcji (przy działaniu aminotransferaz), w której z jakiegoś aminokwasu przenoszona jest reszta aminowa na szczawiooctan (α-ketokwas), w wyniku czego powstaje asparaginian.
- Całkowity koszt syntezy 1 mola mocznika:
- Synteza karbamoilofosforan - 2 mole ATP
- Synteza argininobursztynianu - 2 mole ATP
- Przemiany fumaranu + 2,5 mola ATP (1 mol NADH)
- Suma 1,5 mola ATP
- Proces nie jest więc kosztowny energetycznie, ale za to bardzo ważny dla organizmu? pozwala na przekształcenie toksycznego amoniaku w bezpieczny mocznik, a następnie jego usunięcie z organizmu.
Losy szkieletów węglowych
- Schemat:
- Szkielety węglowe powstają poprzez usunięcie z amoniaku gr. Aminowej
- Niektóre AA (alanina szczególnie łatwo) mogą się przekształcać w pirogronian, a on w wyniku dekarboksylacji oksydacyjnej może się przekształcać w acetylo-CoA, reszty acetylowe mogą się włączyć do cyklu kwasu cytrynowego; pirogronian może się przekształcić w szczawiooctan, który może być prekursorem do syntezy glukozy na szlaku glukoneogenezy.
- Asp, Asn mogą w wyniku transaminacji dawać szczawiooctan.
- Aminokwasy mogą się także przekształcać w fumaran lub bursztynylo-CoA.
- Glutaminian bezpośrednio w wyniku deaminacji oksydacyjnej daje α-ketoglutaran; Arg, Gln, His, Pro mogą się przekształcić w α-ketoglutaran najpierw przekształcając się w glutaminian.
- Aminokwasy glukogenne - wszystkie AA, które charakteryzują się tym, że w wyniku przemian ich szkieletów węglowych powstają metabolity cyklu Krebsa (wzbogacają pulę cyklu Krebsa; dzięki nim jest więcej szczawiooctanu, który jest prekursorem glukozy).
- Aminokwasy ketogenne ? AA, które w wyniku degradacji szkieletów węglowych przekształciły się w acetylo-CoA (reszty acetylowe w cyklu Krebsa są całkowicie spalane ? nie wzbogacają puli metabolitów), który następnie może przekształcić się w acetoacetylo-CoA (może powstać łatwo w wyniku degradacji szkieletów węglowych: Leu, Trp, Lys, Phe); dalszy metabolizm prowadzi do powstania ciał ketonowych.
- Ciała ketonowe:
- Acetoacetylo-CoA w wyniku rozszczepienia wiązania C ~ S może dawać kwas acetooctowy (a właściwie anion - acetooctan), który po dekarboksylacji daje aceton.
- Może też zajść inna reakcja: przy udziale NADH (działa przy tym odpowiednia dehydrogenaza) może powstać związek czterowęglowy ? kwas ?-hydroksymasłowy.
- Ciałami ketonowymi są powstające ostatecznie:
- Acetooctan
- Aceton
- Beta-hydroksymaślan
- W wyniku degradacji szkieletów węglowych AA ketogennych, w pewnych warunkach zaburzeń metabolicznych, dochodzi do nadmiernej produkcji metabolitów (szczególnie acetonu, który może się pojawić w moczu), albo w wyniku spożywania nadmiernej ilości aminokwasów ketogennych, wtedy cykl Krebsa nie jest w stanie przetworzyć wszystkich reszt acetylowych ? tworzy się cetoacetylo-CoA.
Dekarboksylacja
glutaminian ->[-CO2] kwas γ-aminomasłowy (GABA) (neurotransmiter)
histydyna ->[-CO2] histamina (hormon tkankowy)
seryna ->[-CO2] etanotamina (ważny składnik strukturalny fosfolipidów błonowych)
- Są to reakcje usunięcia grupy karboksylowej z aminokwasu
- Stosunkowo niewielka pula aminokwasów podlega tego rodzaju metabolizmowi, ale jest to bardzo ważna reakcja, bo w jej wyniku powstają aminy (zwane często aminami biogennymi), z których wiele ma istotną wartość dla metabolizmu komórkowego
- Z asparaginianu dekarboksylacja prowadzi do powstania ?-alaniny, która jest wykorzystywana do syntezy CoA
- Proces deaminacji aminokwasów może zachodzić w różny sposób (czasami deaminacja jest na poziomie jednego aminokwasu, a czasem jeden aminokwas musi przekształcić się w inny zanim ulegnie deaminacji i musi zajść przemiana metaboliczna); taki skomplikowany proces jest w przypadku: Arg, Gln, His, Pro
- Wszystkie w efekcie utraty grupy aminowej dają α-ketoglutaran
- W przypadku kwasu glutaminowego jest to bardzo proste, ponieważ wystarczy, iż zadziała dehydrogenaza glutaminianowa ? powstaje ?-ketoglutaran
- Pozostałe żeby ulec metabolizmowi muszą przekształcić się w glutaminian
- Prolina (tak naprawdę jest iminokwasem): najpierw działa dehydrogenaza, która wprowadza podwójne wiązanie (są usuwane dwa atomy H) ? powstaje nienasycony analog proliny; następuje przyłączenie cząsteczki wody i powstaje semialdehyd kwasu glutaminowego (różni się od kwasu glutaminowego tym, że zamiast drugiej grupy COO? zawiera grupę aldehydową), który w wyniku działania kolejnej dehydrogenazy może zostać utleniony do kwasu glutaminowego (utl. NAD+)
- Również inne rodziny aminokwasów aby ulec deaminacji .............................................. .............................................................................................................................................
Nie jesteś zalogowany | 


















