Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego Nie jesteś zalogowany | zaloguj się


Zakład Wirusologii

Witamy na wiki Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego

Zakład Wirusologii Instytut Mikrobiologii Wydział Biologii Uniwersytet Warszawski

Spis treści

Licencjat 2014

Zapraszamy na nową strone Zakładu Wirusologii:

http://www.biol.uw.edu.pl/wirusologia/nowosci.htm

Kierownik

dr Monika Radlińska m.radlinska@biol.uw.edu.pl

Profesor emeritus

Prof. dr hab. Andrzej Piekarowicz

Prof. Andrzej Piekarowicz, prof Murray i .......? na Zjezdzie w Bristolu 2004

Pracownicy

dr Monika Adamczyk-Popławska poplawa@biol.uw.edu.pl

dr Agnieszka Kwiatek akwiat@biol.uw.edu.pl



Doktoranci

mgr Michał Lower


Problematyka badawcza

1. Charakterystyka sekwencji profagowych u Neisseria gonorrhoeae.

2. Nowa generacja szczepionek przeciwko Neisseria gonorrhoeae oparta o żywe szczepy bakterii niosące białka lub aktywne fagi nitkowate z Neisseria gonorrhoeae.

3. Efekty biologiczne metylacji DNA u Neisseria gonorrhoeae.

4. Naprawa uszkodzeń DNA powstałych w wyniku deaminacji 5-metylocytozyny u Neisseria gonorrhoeae FA1090.

5. Zbadanie związku pomiędzy hiperzmiennością a fizjologicznym brakiem metylazji typu Dam u Neisseria gonorrhoeae.

6. Inżynieria genetyczna specyficzności metylotransferaz DNA i endonukleaz restrykcyjnych (określenie determinantów specyficzności, badanie oddziaływań DNA-białko, uzyskanie enzymów o nowych właściwościach, badanie związków ewolucyjnych w nadrodzinach metylaz i nukleaz).


Przykłady prac magisterskich i licencjackich

prace licencjackie:

2011 (eksperymentalna) Paulina Mrozek: "Aktywność enzymu HaeIV i jego pochodnej HaeIV_S2 wobec substratów z różną liczbą miejsc docelowych"

2010 (eksperymentalna) Milena Bażlekowa: "System naprawy DNA Very Short Patch repair. Uzyskanie konstruktów do badania komplementacji funkcji białka V.EcoKDcm przez endonukleazę V.NgoAXIII"

2009 (eksperymentalna) Przemysław Gaweł: "Rola systemu restrykcji i modyfikacji NgoAV z N.gonorrhoeae w globalnej ekspresji genów: konstrukcja mutanta NgoAV-"

2010 (teoretyczna) Martyna Ciężkowska: "Bakteriofag Mu"

2009 (teoretyczna) Mateusz Dworecki: "Nowe odkryte wirusy odpowiedzialne za infekcje układu oddechowego człowieka"

prace magisterskie:

2010 Małgorzata Klein: "Zmienność fazowa systemu restrykcji i modyfikacji NgoAV związana z traktem homopolimerycznym obecnym w genie hsdS."

2010 Joanna Wronowska: "Badanie komplementacji funkcji białek MutL i MutS kodowanych przez Escherichia coli przez białka MutL i MutS kodowane przez Neisseria gonorrhoeae FA1090"

2009 Magdalena Pelc: "Wstępne określenie biologicznej roli białek V.NgoA302, MutL i MutS kodowanych przez Neisseria gonorrhoeae FA1090"

2009 Katarzyna Bandyra: "Badanie aktywności i specyficzności endonukleaz V.NgoA1175 i V.NgoA302 oraz wpływu na nie białek MutL i MutS należących do systemu naprawy DNA Very Short Patch repair kodowanego przez Neisseria gonorrhoeae FA1090"

2009 Marek Drożdż: "Wstępna charakterystyka metylotransferaz DNA kodowanych w profagach Mu-podobnych."

2009 Zuzanna Tracz: "Charakterystyka holiny bakteriofaga HP1: właściwości lityczne oraz topologia w bakteryjnej błonie komórkowej."

2008 Michał Lower: "Charakterystyka dwóch nowych metylotransferaz z Neisseria gonorrhoeae FA1090"

Wybrane publikacje

Drozdz M, Piekarowicz A, Bujnicki JM, Radlinska M. Novel non-specific DNA adenine methyltransferases. Nucleic Acids Res. 2011 Nov 18. [Epub ahead of print]

Dziewit L, Kuczkowska K, Adamczuk M, Radlinska M, Bartosik D. Functional characterization of the type II PamI restriction-modification system derived from plasmid pAMI7 of Paracoccus aminophilus JCM 7686. FEMS Microbiol Letters 2011;324(1):56-63.

Raczkowska A, Brzóstkowska M, Kwiatek A, Bielecki J, Brzostek K. Modulation of inv gene expression by the OmpR two-component response regulator protein of Yersinia enterocolitica. Folia Microbiol (Praha). 2011;56(4):313-9.

Adamczyk-Poplawska M, Lower M, Piekarowicz A. Deletion of one nucleotide within the homonucleotide tract present in the hsdS gene alters the DNA sequence specificity of type I restriction-modification system NgoAV. J Bacteriol. 2011 Dec;193(23):6750-9.

Adamczyk-Poplawska M, Markowicz S, Jagusztyn-Krynicka EK. Proteomics for development of vaccine. J Proteomics. 2011 Nov 18;74(12):2596-616.

Kwiatek A, Luczkiewicz M, Bandyra K, Stein DC, Piekarowicz A. Neisseria gonorrhoeae FA1090 carries genes encoding two classes of Vsr  endonucleases. J Bacteriol. 2010 Aug;192(15):3951-60.

Adamczyk-Poplawska M, Lower M, Piekarowicz A. Characterization of the NgoAXP: phase-variable type III restriction-modification system in Neisseria gonorrhoeae. FEMS Microbiol Lett. 2009 Nov;300(1):25-35.

Chmiel, A. A., M. Radlinska, et al. (2005). "A theoretical model of restriction endonuclease NlaIV in complex with DNA, predicted by fold recognition and validated by site-directed mutagenesis and circular dichroism spectroscopy." Protein Eng Des Sel 18(4): 181-9.

Kwiatek, A. and A. Piekarowicz (2007). "The restriction endonuclease R.NmeDI from Neisseria meningitidis that recognizes a palindromic sequence and cuts the DNA on both sides of the recognition sequence." Nucleic Acids Res 35(19): 6539-46.

Pawlak, S. D., M. Radlinska, et al. (2005). "Inference of relationships in the 'twilight zone' of homology using a combination of bioinformatics and site-directed mutagenesis: a case study of restriction endonucleases Bsp6I and PvuII." Nucleic Acids Res 33(2): 661-71.

Piekarowicz, A., A. Klyz, et al. (2007). "Characterization of the dsDNA prophage sequences in the genome of Neisseria gonorrhoeae and visualization of productive bacteriophage." BMC Microbiol 7: 66.

Piekarowicz, A., M. Majchrzak, et al. (2006). "Analysis of the filamentous bacteriophage genomes integrated into Neisseria gonorrhoeae FA1090 chromosome." Pol J Microbiol 55(4): 251-60.

Radlinska, M., A. Kondrzycka-Dada, et al. (2005). "Identification of amino acids important for target recognition by the DNA:m5C methyltransferase M.NgoPII by alanine-scanning mutagenesis of residues at the protein-DNA interface." Proteins 58(2): 263-70.

Radlinska, M., A. Piekarowicz, et al. (2005). "Cloning and preliminary characterization of a GATC-specific beta2-class DNA:m6A methyltransferase encoded by transposon Tn1549 from Enterococcus spp." Pol J Microbiol 54(3): 249-52.

Rakotoarivelo, C., M. Adamczyk, et al. (2006). "7beta-hydroxycholesterol blocked at C-3-OH inhibits growth of rat glioblastoma in vivo: comparison between 7beta-hydroxycholesteryl-3beta (ester)-oleate and 7beta-hydroxycholesteryl-3-beta-O (ether)-oleyl." Anticancer Res 26(3A): 2053-62.

Tchernaenko, V., M. Radlinska, et al. (2008). "DNA bending in transcription initiation." Biochemistry 47(7): 1885-95. Zaleski, P. and A. Piekarowicz (2004). "Characterization of a dam mutant of Haemophilus influenzae Rd." Microbiology 150(Pt 11): 3773-81.

Zaleski, P., M. Wojciechowski, et al. (2005). "The role of Dam methylation in phase variation of Haemophilus influenzae genes involved in defence against phage infection." Microbiology 151(Pt 10): 3361-9.


Prowadzone zajecia

Wirusologia Molekularna http://wiki.biol.uw.edu.pl/w/Wirusologia_molekularna

Zastosowanie Wirusów w Biotechnologii

Wirusologia Lekarska

osobiste